Od 90. let minulého století probíhala kompletní rekonstrukce interiérů druhého patra, kde dříve sídlilo muzeum a galerie. Roku 2002 v těchto prostorách byla zpřístupněna expozice Salóny druhého zámeckého patra, která veřejnosti prezentovala sbírky z depozitářů památkových objektů Královéhradecka a Pardubicka. Tento rok byl zámek Náchod prohlášen Národní kulturní památkou. V prvních letech nového tisíciletí došlo k obnově malé hodinové věže. V roce 2007 byl veřejnosti představen další prohlídkový okruh s názvem "Na dvoře vévodském" (který již byl zamýšlen Národní kulturní komisí v 50. letech) a prezentoval postavu vévody Petra Birona Kuronského a Zaháňského. Od roku 2008 náchodský zámek spadal pod Národní památkový ústav, územní odborné pracoviště v Josefově. V roce 2012 se ke třem interiérovým prohlídkovým trasám přidala čtvrtá, která představovala unikátní sbírku řádů vyznamenání, šperků, medailí a mincí. Od roku 2013 došlo k reorganizaci Národního památkového ústavu a náchodský zámek je od té doby spravován Územní památkovou správou na Sychrově. V roce 2014 byla zahájena kompletní obnova hlavní zámecké věže. Probíhala také příprava obnovy zámeckého kopce, jež byla realizována mezi lety 2020 až 2022. Od roku 2021 probíhá kompletní reinstalace zámeckých expozic, kdy jsou nově veřejnosti prezentovány dvě instalace - Zámek za Piccolominiů a Zámek za Schaumburgů, které prezentují dva významné rody a jejich sbírky, do té doby uložené v depozitářích. Postupně jsou restaurovány výmalby, podlahy a zároveň probíhají obnovy střešních krytin.