Významnými majiteli, jejichž vláda na panství je spojena s rozsáhlou stavební činností, byl rod Smiřických, ve 2. polovině 16. století jeden z nejbohatších v Čechách. Zikmund Smiřický ze Smiřic koupil Náchod roku 1544 a ten zůstal v majetku tohoto rodu do roku 1620, kdy byl zabaven v rámci pobělohorských konfiskací za účast Smiřických ve stavovském povstání. Poslední mužský člen rodu Albrecht Jan, který zdědil náchodské panství roku 1614, byl totiž aktivním účastníkem stavovského odboje, osobně se účastnil květnové defenestrace roku 1618 a byl i jedním z třiceti direktorů. Jeho slibná kariéra však byla předčasně ukončena neočekávanou smrtí v listopadu 1618. Rozsáhlé smiřické dědictví a tím i náchodské panství získala jeho sestra Markéta Salomena a na zdejším zámku strávil poslední noc v Čechách tzv. Zimní král Fridrich Falcký, který zde přenocoval při svém útěku ze země po porážce na Bílé hoře. Vzápětí opustila Čechy i Markéta Salomena. Mezi popravenými 27 českými předáky na Staroměstském náměstí 21. 6. 1621 byl i náchodský měšťan, člen stavovského direktoria a regent panství Smiřických, Tobiáš Štefek z Koloděj.

Roku 1623 koupila náchodské panství Magdalena Trčková z Lípy a o několik let později jej postoupila svému synovi Adamovi Erdmanovi Trčkovi. Adam byl posledním majitelem pocházejícím z české šlechty. Jeho švagrem byl velitel císařských vojsk Albrecht z Valdštejna, jehož matka pocházela rovněž z rodu Smiřických a jenž se snad na náchodském zámku roku 1583 narodil. Adam věrně stál po boku svého příbuzného až do jeho smrti 25. 2. 1634, kdy byl spolu s ním zavražděn v Chebu.